Baltamatica

软件简介

北太天元（Baltamatica）是面向科学计算与工程计算的国产通用型科学计算软件。本软件提供科学计算、可视化、交互式程序设计，具备强大的底层数学函数库，支持数值计算、数据分析、数据可视化、数据优化、算法开发等工作，并通过SDK与API接口，扩展支持各类学科与行业场景，为各领域科学家与工程师提供优质、可靠的科学计算环境。

前提条件

请确保在需要运行桌面类应用的机器上安装有：

TurboVNC 3.0版本及以上
您需要运行的Baltamatica

1、TurboVNC安装

wget https://turbovnc.org/pmwiki/uploads/Downloads/TurboVNC.repo --no-check-certificate
mv TurboVNC.repo /etc/yum.repos.d
# 安装最新版本
yum install turbovnc -y

2、构建Baltamatica镜像

构建Singularity镜像需要先安装Singularity软件，具体安装步骤请参考RStudio应用配置附章中的Singularity安装。

创建容器并进行北太天元安装

# 拉取docker镜像创建sandbox格式容器
singularity build --sandbox balt-sing docker://ubuntu:20.04
# 通过交互的方式进入容器镜像，进行北太天元软件的安装
singularity shell -w balt-sing

# 在镜像内安装一些需要用到的工具
apt update
apt install vim -y

# 在镜像内安装北太天元软件，下方文件名修改为对应的安装包名
# 安装时需要选择一些地域，选择Asia HongKong Chinese等
apt install ./baltamatica***.deb

#运行下述命令解决libQt5Core.so.5链接失败的问题
apt install binutils -y
strip --remove-section=.note.ABI-tag /opt/Baltamatica/lib/libQt5Core.so.5

# 修改北太天元启动脚本
vim /opt/Baltamatica/bin/baltamatica.sh
# 修改export BALTAM_PATH=$(cd ${0%/*}/..;pwd)为export BALTAM_PATH="/opt/Baltamatica"

# 安装完毕退出容器
exit

# 将容器打包
singularity build balt-sing.sif balt-sing/

将Singularity镜像拷贝到共享存储，以便在计算节点可以访问并运行：
```
cp balt-sing.sif /data/software/baltamatica/
```

下载思源黑体，解决不能正确显示中文的问题

wget https://github.com/adobe-fonts/source-han-sans/releases/download/2.004R/SourceHanSansCN.zip
unzip SourceHanSansCN.zip
# 转存到共享存储
mv SourceHanSansCN/CN /data/software/baltamatica/SubsetOTF

下面讲解如何配置使用Baltamatica。

配置文件

创建config/apps目录，在里面创建baltamatica.yml文件，其内容如下：

config/apps/baltamatica.yml
# 这个应用的ID
id: baltamatica

# 这个应用的名字
name: baltamatica

# 指定应用类型为vnc
type: vnc

# VNC应用的配置
vnc:
  # 此X Session的xstartup脚本
  xstartup: |
    export SINGULARITY_VERSION="singularity/3.9.2"
    module switch ${SINGULARITY_VERSION}
    unset SESSION_MANAGER
    unset DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS

    # Disable startup services 
    xfconf-query -c xfce4-session -p /startup/ssh-agent/enabled -n -t bool -s false
    xfconf-query -c xfce4-session -p /startup/gpg-agent/enabled -n -t bool -s false
    xfconf-query --channel xfce4-desktop -p /desktop-icons/file-icons/show-filesystem -s false --create -t bool
    xfconf-query --channel xfce4-desktop -p /desktop-icons/file-icons/show-removable -s false --create -t bool
    # 配置默认面板
    if [ ! -d "${HOME}/.config/xfce4/panel/launcher-9" ] || [ ! -d "${HOME}/.config/xfce4/panel/launcher-10" ] || [ ! -d "${HOME}/.config/xfce4/panel/launcher-11" ] || [ ! -d "${HOME}/.config/xfce4/panel/launcher-12" ]; then
      cp -f /etc/xdg/xfce4/panel/default.xml ${HOME}/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml
    fi
    # 桌面终端默认进入到家目录
    cd ~
    startxfce4 &

    mkdir ~/.fonts
    cp -r /data/software/baltamatica/SubsetOTF ~/.fonts
    singularity exec /data/software/baltamatica/balt-sing.sif baltamatica.sh
      
# 配置HTML表单
attributes:
  - type: text
    name: sbatchOptions
    label: 其他sbatch参数
    required: false
    placeholder: "比如：--gpus gres:2 --time 10"

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前提条件​

1、TurboVNC安装​

2、构建Baltamatica镜像​

配置文件​

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